Em Antes Que o Café Arrefeça: De Volta a Tóquio, retornamos ao mágico Café Funiculi Funicula, onde quatro novas histórias se entrelaçam. Um homem que anseia reencontrar o amigo que perdeu há vinte e dois anos; um filho que não conseguiu despedir-se da mãe; um homem que sonha em reviver um amor que nunca se concretizou; e um detetive com um desejo profundo de oferecer um presente à esposa que partiu.
No entanto, essas viagens ao passado vêm com condições e desafios, e nada do que acontece pode alterar o presente. A cada viagem, os personagens aprendem que, apesar das limitações, há um poder transformador em revisitar o que ficou para trás.